基幹型臨床研修病院として札幌医科大学、徳島大学、旭川医科大学があり、初期研修の2年のうち約1年は上記の大学病院で研修をします。よって、孝仁会記念病院に存在しない診療科も、大学病院で研修することができます。孝仁会病院では内科、救急、その他外科などの診療科を研修できます。